バイオインフォマティクス

昨日、バイオインフォマティクスの基礎講座を受講させていただいた。１７日に行われた分子生物学、分子遺伝学の続編にあたるものだ。

内容としては、代表的な公共データベースやアプリケーションの種類を知り、場面に応じた活用方法を体験してみようというもの。

題材となるクエリは先生が与えて下さり、こいつをBLASTにかける。この時点でどの生物の塩基配列かは受講者に知らされず、BLASTによって抽出されたデータから何かを定めるという課題から始まった。生物が特定された後は、同じくBLAST抽出されたデータ中、上位５つのクエリを使って・・・と、短い時間の中で系統樹の作成までを教わった。３時間のセミナーであったが、「あっ！」　っという間に時間が過ぎていったのである。

そして今日、仕事を早めにあがり自宅へ帰ると妻は息子二人を連れて外出中。ふと思い立ち、昨日のおさらいをしてみることにした。しかし、昨日先生の与えてくれた題材を使うのはあまりにも芸がない。なにか面白そうなネタはないかと考えてみる・・・

「クマムシ」

そう、あの独特の風貌と奇跡の身体能力を誇るあの「クマムシ」。こいつについて、何らかのデータを引っ張ってみよう！

まずはグーグルでクマムシの学名を調べ、ＳＲＳで検索をかける。抽出されたいくつかのデータの中で、

AY305483|Macrobiotus islandicus elongation factor-1 alpha mRNA, partial cds.

を選んだ。ちなみにMacrobiotusはクマムシの学名だ。elongation factorはタンパク質合成の際に必要な伸長要因のこと。mRNAはメッセンジャー RNAの略。

クマムシにもいろいろな種類が存在するようなので、それらの比較をしてみようと思ってしまったのである。さっそくこいつのアクセッションナンバーをgetentryへ！　ちゃんと形式も「全塩基配列 FASTA」を選ぶ。流石に昨日の今日ではまだまだ覚えているな。

ここで得られた塩基データをBLASTにかける。

？？？

おいおい、クマムシちゃんは？　自分のぶちこんだデータ以外Macrobiotusの文字がない・・・。その代わり、見たことも聞いたこともない学名がズラり。ちびちび学名をコピーしてはグーグルで検索。すると、学名は違うがクマムシに酷似している生物がいるではないか！　そんなこんなで上から４０件ほど見ては検索を続け、次の７種類をチョイス！

クマムシに良く似たRichtersiusとIsohypsibius以外はトビムシっぽいのが二種類、クギみたいな生き物が一種類、ムカデのようなグロテスクなやつが一種類だ。

再びgetentryを使ってそれぞれのelongation factor-1 alpha mRNA, partial cds.情報を取得。こいつをテキストファイルに保存し準備万端。

今度はClustalWを使ってアライメント！　実は私、アライメントの結果をみるのが結構好き。何が好きって、専門的なことが分からなくても、「へぇ〜、違う生き物なのに、結構同じような配列してやがるんだな」と単純に感心できるからである（あ、そうそうBootstrapはOnにするって言ってたな）。

それはさておき、後で系統樹を作るために.phb形式ファイルでアウトプットだ。

生成されたphbファイルをいよいよNJplotで読み込む。

「おお！！！」

７種類の生き物の系統樹ができた。当然のできごとなのだろうが、ド素人の私にとっては驚きの瞬間だ。クマムシ系の連中と、トビムシ系、その他の虫系とやはり系統が分かれる。しかし、さかのぼってみると合流するポイントがあるわけで、それが実に面白い。

その他ClustalXでのアライメントも視覚的に楽しかったな。

そんなこんなで、ちょっとしたお遊び・・・いやいや復習が終わったのである。まったく下手なゲームよりよっぽど面白い。高校生くらいなら体験させてあげてもいいんじゃないかな。